Introduction
Pour comprendre l’intérêt du plugin Taxonomie, si vous n’êtes pas familier avec les concepts de taxonomie ou si vous souhaitez approfondir les mécanismes sous-jacents du plugin, il est conseiller de lire les articles connexes suivants :
Les taxons & les espèces
Le plugin Taxonomie a pour but de construire sans effort une base de taxons du règne au genre pour les règnes animal (Animalia), végétal (Plantae) et fongique (Fungi). C’est à l’utilisateur de décider le ou les règnes qu’il souhaite utiliser. Une fois un règne chargé en base de données à partir des données de l’organisme ITIS, il est possible de le mettre à jour manuellement ou au travers du CRON journalier.
Les espèces et leurs descendants éventuels ne sont pas créés automatiquement comme les autres taxons ascendants mais manuellement à la demande des utilisateurs pour constituer l’écosystème souhaité. Un assistant est fourni pour faciliter la création des espèces et leur rattachement dans l’arbre taxonomique.
Un taxon possède un nom scientifique en minuscule et un nom commun (aussi appelé nom vulgaire) exprimé dans les langues disponibles (français, anglais, espagnol, italien, portugais et allemand). Il est catégorisé au travers de son règne (nom scientifique en minuscule) et de son rang taxonomique. Enfin, il peut être décrit par un descriptif succinct et un texte plus complet que l’utilisateur peut remplir à loisir.
Mais, le plus important est que chaque taxon, espèce incluse, possède aussi un identifiant universel ITIS nommé TSN (Taxonomic Serial Number) qui permet de repérer chaque taxon de façon unique et pérenne.
Les services taxonomiques
Le plugin Taxonomie utilise divers services taxonomiques, la plupart offrant une API web, à savoir :
- ITIS,
- Wikipedia,
- IUCN red list,
- GBIF.
Seul ITIS est indispensable au plugin car il fourni les données de base de chaque taxon et en particulier son identifiant unique, le TSN. Les autres services sont d’utilisation facultative, à la discrétion de l’utilisateur.
L’interface de gestion dans l’espace privé
Taxonomie propose une interface simplifiée dans l’espace privé qui permet de gérer le chargement des règnes, de lister, filtrer et naviguer entre les taxons, de créer des espèces et de modifier unitairement les taxons comme tout objet SPIP.
L’image ci-après illustre la page par défaut du plugin Taxonomie. L’interface est ainsi faite que toutes les pages qui la composent possèdent la même navigation, ce qui permet à l’utilisateur d’avoir toutes les fonctions à portée de main, y compris la configuration du plugin.
On peut remarquer que les taxons du règne au genre (menu Ascendants des espèces) sont séparés des espèces et descendants qui sont affichés par défaut. Les listes sont présentées de façon identiques et peuvent être filtrées suivants un ou plusieurs critères.
Un page d’administration (menu Gestion des règnes) permet de charger, recharger ou vider des règnes, à savoir, uniquement les taxons du règne au genre. C’est la première chose à faire après avoir installer le plugin : charger les règnes qui vous sont utiles.
Enfin, une page de configuration permet à l’utilisateur de choisir les langues utilisables pour les noms communs des taxons ainsi que les services autres que ITIS utilisables pour compléter les informations taxonomiques.
En outre, si vous utilisez le plugin IEConfig, il vous est possible d’exporter les taxons créés ou modifiés et de les importer sur une autre base et si vous utilisez le plugin Territoires vous pouvez associer des territoires à chaque taxon.
Utilisation et évolution du plugin
Le plugin seul n’a que peu d’intérêt. Il n’est qu’un outil pour construire un site destiné à décrire d’une manière ou d’une autre un biote ou ensemble d’espèces quelconque.
Il n’existe malheureusement pas de squelette dédié à l’affichage de ces taxons. Pourtant, à l’origine, le plugin Taxonomie a été créé comme la première pierre d’une distribution nommée « Le Monde Vivant » et intégrant un plugin squelette générique nommé Ecosystème que je souhaitais basé sur le joli design de Geodiversités. Aussi, si le développement de ce squelette intéresse quelqu’un ne pas hésiter à partager cette envie sur le forum et à m’en parler.
Un autre plugin, Naturaliste, est en cours de développement pour lier les taxons de Taxonomie aux observations enregistrées dans le site iNaturalist.
Discussions par date d’activité
3 discussions
Merci pour ce plugin, qui m’intéresse beaucoup pour améliorer les taxons du site web du Plus petit jardin botanique de Suisse https://jardin.forum1203.ch
Sur la page de configuration du plugin, je n’arrive pas à charger un règne, car les boutons radio de Actions à exécuter sont grisés, quelque soit le règne sélectionné.
Comportement identique en testant sur Spip 4.2.10 en local sur linux et sur spip 4.2.10 chez infomaniak.com https://jardin.forum1203.ch
Merci pour votre aide
Hello,
Désolé je l’ai corrigé depuis un moment mais comme je n’ai pas généré un tag pour créer le zip associé tu ne dois pas le voir.
C’est fait, la version 1.0.3 corrige ce bug et tu pourras charger les règnes.
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Cher Eric, je vois que le plugin Taxonomie a été pensé pour être adapté au squelette geodiv développé par b_b. Est-ce que le plugin pourrait déjà être utilisé dans un site utilisant geodiv ?
Hello,
Quand j’ai commencé à développer ce plugin il y a des années le but était de développer des sites orientés vers la connaissance des écosystèmes. Comme je connais bien b_b, je connaissais donc aussi les Taxinomes et le squelette Geodiv. D’où l’idée était de voir si le plugin Taxonomie pourrait motoriser ce site et le squelette de façon générique.
Comme les hobbies vont et viennent, on a jamais réussi à trouver le temps d’arriver à cette convergence. Maintenant, comme je le dis dans l’article j’aimerais bien créer un squelette dédié à Taxinomie et inspiré de Geodiv sauf que je suis une quiche en HTML. Donc je fais appel à d’éventuelles bonnes volontés pour développer ce squelette générique.
Pour l’instant je regarde comment lier Taxonomie à iNaturalist qui est devenu une référence des observations d’espèces et qui est pratique car disponible sur smartphone. Donc l’idée est de permettre d’importer des observations de taxons dans un site donné comme Les Taxinomes.
Merci beaucoup pour ces explications. Moi même j’ai développé, avec l’aide de b_b un site frère de Geodiversité.net et Les Taxinomes au Brésil. C’est le Portal de Zoologia d’où mon grand intérêt de pouvoir essayer ton plugin sur le site. Initialement j’avais pensé qu’on pourrait lier chaque article/media à un niveau taxonomique defini par le plugin. En réalité nous faisons déjà plus au moins ça, puisque il y a l’arbre phylogénétique. Mais je trouve très intéressant la possibilité de lier les médias qu’on connais l’espèce á un (pesudo)objet espèce. Bref, je suis vraiment heureux de pouvoir imaginer qu’un jour on pourrait utiliser ton plugin sur Les Taxinomes et aussi sur le Portal.
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Je viens de découvrir ce plugin avec enthousiasme. Pensez-vous qu’il pourrait être adapté à des sites comme Les Taxinomes, dédiés au partage de photos d’êtres vivants en général ?
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